Томат канопус
Томат Канопус: характеристика и описание сорта
Содержимое
- 1 Описание сорта
- 2 Характеристики помидоров
- 3 Преимущества и недостатки
- 4 Отзывы огородников
- 5 Заключение
Уже одно название сорта томата может многое рассказать о тех задумках, которые вложили в него его создатели – селекционеры. Канопус – это одна из самых больших и значительных звезд на небе, которая занимает второе место по яркости из всех видимых с Земли звезд после Сириуса (не считая, конечно, Солнца). Томат Канопус, судя по его характеристикам в описании сорта, тоже занимает далеко не последнее место в кажущемся бесконечным по своему разнообразию мире томатов.
Этот томат способен заинтересовать и опытных фермеров, благодаря своим показателям по урожайности, и начинающих дачников из-за неприхотливости в уходе и стойкости ко многим заболеваниям и вредителям.
Описание сорта
Сорт томата Канопус появился на свет уже около 20 лет назад благодаря усилиям ученых-селекционеров из Института Цитологии и Генетики, который находится в ведении Сибирского отделения Российской Академии наук. Учеными исследовательского центра этого института было разработано немало интересных сортов овощей и, прежде всего, томатов, которые отличаются особой устойчивостью к капризам погоды и различным проявлениям патогенных организмов.
Поскольку сорт Канопус родом из Сибири, точнее, из Новосибирска, то он максимально подходит для выращивания в непростых условиях сибирского лета, а также для всех регионов со сходными климатическими условиями. Впрочем, и в других регионах России также по достоинству оценили томат Канопус и с удовольствием выращивают его как в условиях теплиц, так и на обычных грядках в открытом грунте.
Кстати, этот сорт томатов был зарегистрирован в Госреестре селекционных достижений России еще в 2000 году и рекомендован к выращиванию по всей территории страны именно в условиях открытого грунта.
Семена сорта Канопус встречаются в продаже или непосредственно от производителя (СИБНИИРС) или в упаковках семеноводческих компаний, находящихся преимущественно за Уралом – «Семена Алтая», «Уральский дачник», «Агрос», «Плазменные семена».
Растения томата Канопус относятся к детерминантным, поскольку имеют ограниченный рост. При выращивании в уличных условиях они не нуждаются ни в пасынковании, ни в формировании.
Внимание! При выращивании в тепличных условиях томат Канопус лучше всего формировать в два стебля – это может привести к получению максимального эффекта и по урожайности, и по величине помидоров и по срокам созревания.
Подвязка может быть необходима, поскольку на кустах завязывается, как правило, очень большое количество помидоров и под их тяжестью кусты могут повалиться на землю и даже сломаться. Кроме того, подвязка веток, а иногда и плодов часто значительно облегчает сбор урожая. Но при большом количестве кустов при промышленном выращивании возможно обойтись и без подвязки. В этом случае помидоры, может быть, придется собирать непосредственно с поверхности земли.
Кусты томата Канопус имеют сравнительно компактные размеры, в высоту достигают лишь 50-60 см. Поэтому их легко можно высаживать на грядки в самые ранние сроки, укрыв в первые несколько недель дугами с любым нетканым материалом или пленкой.
Кусты сорта Канопус имеют среднюю облиственность и разветвленность. Листья традиционной для помидоров формы, темно-зеленого цвета.
Простое соцветие формируется лишь после 7-8 листа, в последующем они закладываются или через один, или через два листа.
Если говорить о сроках созревания, то сорт Канопус относится к среднеспелым томатам – вегетативный период, начинающийся с момента появления полных всходов, составляет примерно 115-120 дней.
По урожайности томат Канопус по праву принадлежит к рекордсменам в томатном мире. Не зря этот сорт быстро привлек к себе внимание фермеров и тех, кто пытается выращивать томаты преимущественно для продажи. В среднем урожайность с одного квадратного метра составляет 3- 3,5 кг помидоров товарного качества. Но при хорошем уходе такое же количество плодов можно получить и с одного куста, а с квадратного метра собирают при этом до 5-6 кг прекрасного качества помидоров.
Сорт Канопус, кроме того, отличается генетической невосприимчивостью к вирусу табачной мозаики и хорошей устойчивостью к фитофторозу и различного рода бактериальным пятнистостям. По опыту и отзывам выращивания разнообразные вредители из мира насекомых также обходят его стороной.
Важно! Оригинаторы отмечают стойкость этого томата к засушливым условиям, что делает его выращивание привлекательным и для южных регионов.
Ну и, конечно, сорт томата сибирской селекции должен сравнительно легко выдерживать различного рода природные катаклизмы, что вполне справедливо для томата Канопус.
Характеристики помидоров
Томат Канопус по своим заявленным оригинатором характеристикам помидоров принадлежит к сравнительно редкому типу – он имеет продолговатые или почти овальные плоды довольно больших размеров. Правда, форма плодов может сильно варьироваться в различных условиях выращивания. Самые первые или крупные помидоры на кустах часто имеют более традиционную приплюснутую форму. Гладкая поверхность плодов может изменяться и становиться слегка складчатой у основания плодоножки.
Чаще всего средний размер плодов небольшой, масса одного помидора может различаться в пределах от 110 до 180 грамм. Но при использовании специальных приемов выращивания (формирования в один стебель, постоянного пасынкования и, конечно, предоставления максимального количества солнечного света и питания вдоволь) можно получить плоды от этих томатов весом до 400 грамм, а то и более, каждый.
Окрас помидоров Канопус в стадии технической зрелости – зеленый с выраженным темно-зеленым пятном в районе плодоножки. Полностью вызревшие помидоры отличаются ярко-красным окрасом.
В каждом помидоре имеется более 4-х семенных гнезд, кожица довольно плотная, мякоть упругая, мясистая, с достаточным содержанием сока.
Помидоры Канопус отличаются хорошими вкусовыми характеристиками, кто-то от них в полном восторге, другие считают их обыкновенными и даже кисловатыми. В любом случае вкус, также как и размеры плодов, находится в значительной зависимости от условий выращивания и количества, а также качества внесенных питательных элементов.
По назначению помидоры Канопус относятся к универсальному типу. Они хороши для салатов в летнюю пору, из них получаются замечательные томатные продукты, типа кетчупа, аджики, сока. А благодаря сравнительно небольшим размерам большей части плодов, они замечательно подойдут для солений и маринадов.
Преимущества и недостатки
Большинство огородников высоко оценивают следующие его положительные характеристики:
- Высокую урожайность кустов.
- Возможно крупные размеры плодов.
- Неприхотливость в выращивании, в том числе хорошая завязываемость плодов в условиях недостаточного количества влаги.
- Устойчивость к большому набору заболеваний и других неблагоприятных факторов.
- Товарный вид помидоров, возможность их длительного хранения и транспортировки.
Нельзя обойти вниманием и возможные недостатки помидоров Канопус:
- Не самый лучший вкус и аромат помидоров – большинство огородников использует их в основном для переработки.
Отзывы огородников
Огородники оставляют несколько противоречивые отзывы о томате Канопус, что может свидетельствовать либо о фактах пересортицы, либо о том, что качественные характеристики помидоров все-таки сильно зависят от условий выращивания.
Антонина, 52 года, г. Ярославль
Посоветовали семена томата Канопус в магазине. Выращивала их в теплице – очень мне понравились. Плодов на каждом кусте было очень много. Они были вкусные, мясистые, ароматные. Закрутила из них много томатного сока на зиму, сделала аджику, лечо и другие заготовки. Да и так в салатиках они были очень даже хороши. На следующий год собрала семена, буду выращивать обязательно уже из своих семян.
Валерия, 32 года, г. Куйбышев
Растили в том году томат Канопус — совсем меня он не впечатлил. Помидоров было, может быть, и много, но на вкус они совсем никакие. В итоге – пустила все на консервацию.
Виктория, 48 лет, г. Магнитогорск
Хочу поделиться впечатлениями о сорте томата Канопус. По всем параметрам – замечательный сорт! Кусты невысокого роста, до 50 см примерно, отлично смотрятся на грядках. Никакого особого формирования и пасынкования не требуют. Я лишь обрывала нижние желтеющие листья, те, что образовались ниже первой завязи. На каждом кусте до 30 – 40 разных размеров помидорчиков, от небольших, весом в 80-100 грамм, до 250-граммовых. Томаты висят кистями, в каждой может образоваться от 3 до 7 плодов. Вкус их очень насыщенный, помидорный, сладкий с небольшой кислинкой. Мякоть очень плотная, поэтому помидоры годятся для любых заготовок. Да и так их поесть тоже вполне можно. Я выращиваю этот сорт с 1998 года и никогда еще не оставалась без урожая. В смысле болезней или каких-то вредителей проблем с ним особо тоже нет. В общем, у меня он в любимчиках.
Галина, 37 лет, г. Ижевск
Выращивала томат Канопус в 2008 году. Все характеристики были очень похожи на заявленные производителями, кроме размеров плодов. У меня они были в основном массой в 80-100 грамм, максимум доходили до 150 грамм, но никак не больше. А так вкусные помидорчики, годятся на что угодно, и, главное, их вызревает действительно много.
Заключение
Томаты Канопус способны занять достойное место в любой коллекции, поскольку неприхотливость и устойчивость к болезням хорошо сочетаются у них с высокой урожайностью.
Семена Томат Канопус: описание сорта, фото
Флокс метельчатый Чистые чувства
Артикул: 4188
Кол-во в упаковке: 1 шт.
Наличие: Весна
Срок отправки: С 20.03 по 30.05
319
Ель голубая Кейбаб
Артикул: 26672
Кол-во в упаковке: 1 шт.
Наличие: Весна
Срок отправки: С 20.03 по 30.05
419
Клематис Миссис Чёлмондели
Артикул: 13341
Кол-во в упаковке: 1 шт.
Наличие: Весна
Срок отправки: С 20.03 по 30.05
319
Пион травянистый Примевере
Артикул: 1522
Кол-во в упаковке: 1 шт.
Наличие: Весна
Срок отправки: С 20.03 по 30.05
599
Георгина Рейманс Файркрекер
Артикул: 9079
Кол-во в упаковке: 1 шт.
Наличие: Весна
Срок отправки: С 20. 03 по 30.05
229
Мак Уайт Раффлз
Артикул: 4204
Кол-во в упаковке: 1 шт.
Наличие: Весна
Срок отправки: С 20.03 по 30.05
259
Гортензия крупнолистная Праздник
Артикул: 3327
Кол-во в упаковке: 1 шт.
Наличие: Весна
Срок отправки: С 20.03 по 30.05
439
Голубика высокорослая Бонус
Артикул: 2882
Кол-во в упаковке: 1 шт.
Наличие: Весна
Срок отправки: С 20.03 по 30.05
299
Вишня войлочная Бессея
Артикул: 9486
Кол-во в упаковке: 1 шт.
Наличие: Весна
Срок отправки: С 20.03 по 30.05
289
Гортензия древовидная Инкредибл
Артикул: 2309
Кол-во в упаковке: 1 шт.
Наличие: Весна
Срок отправки: С 20.03 по 30.05
499
Пион древовидный Мо Рун Джу Лун
Артикул: 8620
Кол-во в упаковке: 1 шт.
Наличие: Весна
Срок отправки: С 20. 03 по 30.05
999
Лилия Лотус Пьюр
Артикул: 6528
Кол-во в упаковке: 1 шт.
Наличие: Весна
Срок отправки: С 20.03 по 30.05
119
Клематис Ниобе
Артикул: 13321
Кол-во в упаковке: 1 шт.
Наличие: Весна
Срок отправки: С 20.03 по 30.05
299
Голубика Свит Грейп™
Артикул: 4747
Кол-во в упаковке: 1 шт.
Наличие: Весна
Срок отправки: С 20.03 по 30.05
399
Роза Кахала
Артикул: 12419
Кол-во в упаковке: 1 шт.
Наличие: Весна
Срок отправки: С 20.03 по 30.05
329
Кринум пауэлла
Артикул: 32038
Кол-во в упаковке: 1 шт.
Наличие: Весна
Срок отправки: С 20.03 по 30.05
299
Ель колючая Глаука Маджестик Блу
Артикул: 24833
Кол-во в упаковке: 1 шт.
Наличие: Весна
Срок отправки: С 20.03 по 30.05
359
Инжир Грушевый
Артикул: 4325
Кол-во в упаковке: 1 шт.
Наличие: Весна
Срок отправки: С 20.03 по 30.05
489
Ранункулюс Пикоти Розовый
Артикул: 6615
Кол-во в упаковке: 10 шт.
Наличие: Весна
Срок отправки: С 20.03 по 30.05
199
Горечавка Литл Пинки
Артикул: 9564
Кол-во в упаковке: 1 шт.
Наличие: Весна
Срок отправки: С 20.03 по 30.05
279
характеристики и описание сорта, урожай отзывы фото кто посадил
Название знаменитого сорта созвучно с именем звезды южного полушария, яркого гиганта, озаряющего ночное небо сказочным блеском. Как и его «космический тезка», томат Канопус является путеводной звездой в «огородной вселенной» опытных дачников. С выращиванием неприхотливого сорта томатов справятся даже начинающие огородники!
Содержание
- 1 Общая характеристика, описание сорта
- 2 Польза томатов Канопус
- 3 Нюансы ухода: как посадить и вырастить помидоры Канопус
- 4 Реальные отзывы дачников-любителей
Люди, которым уже посчастливилось Семена гибридных томатов отмечают не только его отличные вкусовые характеристики, но и неприхотливость в уходе.
Томаты Канопус требуют минимального количества минеральных удобрений, регулярного полива теплой водой и солнечного света.
Общая характеристика, описание сорта
Как правило, рост аккуратных стеблей томатов Канопус составляет 40-60 см, средние листья насыщенно-зеленые, соцветие простое. Самое первое соцветие закладывается над 6-9 листочками, последующие - через 2-3 листочка.
Плоды напоминают цилиндр, сами томаты сочные и крупные. Оттенок плодов этого сорта контрастно-красный, ярко выделяющийся на фоне общей зелени листьев. Масса уже созревших томатов варьируется от 105 до 400 г.
Преимущества помидоров Канопус
Те, кто уже высаживал плазмосемяны популярного среди огородников сорта, акцентируют внимание на следующих преимуществах:
- крупный размер плода;
- сочность спелых томатов;
- высокая вкусовая привлекательность с другими продуктами;
- возможность консервации, переработки;
- несложные процедуры по уходу;
- устойчивость к длительному отсутствию воды;
- нормальное восприятие неблагоприятных погодных условий.
Кроме того, в описании томата Канопус указан еще один однозначный плюс сорта – выносливость, устойчивость к болезням, в том числе:
- Фитофтороз, который ежегодно уничтожает миллионы гектаров посевов. Универсальными симптомами является появление на листьях серо-коричневых пятен, внешне напоминающих плесень. Болезни подвержены также плоды и стебли растения.
- Вирус табачной мозаики представляет собой палочковидную РНК, которая окрашивает плоды и листья в желтоватые пятна. Причудливые узоры губительной мозаики провоцируют лишение товарного вида, прежние красные томаты становятся пятнистыми, ухудшаются вкусовые качества.
- Бактериальная пятнистость, уничтожающая растительность с ржавыми пятнами, неэстетичными точками на зеленоватых листовых пластинах, округлыми краями аппетитного плода.
Томаты Канопус устойчивы к этим заболеваниям, богатому урожаю сорта не будет угрожать бактериальный бич паразитарных болезней.
При правильном уходе урожай удивит обилием красных плодов, их красочными визуальными характеристиками и вкусом, достойным лучших блюд элитных ресторанов.
Нюансы ухода: как посадить и вырастить томаты Канопус
Нетребовательные томаты еще нуждаются в элементарном уходе дачников, проявление которого не займет много времени и физических ресурсов. Соседи и «городские» домочадцы будут поражены урожаем спелых плодов, если следовать некоторым советам:
- Не следует копать для семян глубокую яму; будущие томаты лучше высаживать в неглубокую (3-5 мм) воронку.
- Можно накрыть почву плотной бумагой, газетами. Бумажный покров следует опрыскивать из пульверизатора, такие нехитрые манипуляции обеспечат равномерный полив и отличный доступ воздуха.
- Помидоры Канопус очень тепло воспринимают микроудобрения; среди всего многообразия химических подкормок отдавайте предпочтение готовым смесям.
- Почву можно покрыть тонким слоем органических удобрений, таких как птичий помет.
- Органическая подкормка не только положительно скажется на росте стеблей сорта, но и привлечет дождевых червей, которые будут активно рыхлить почву.
- Черви — универсальный способ дать будущим томатам достаточно воздуха, но следует придерживаться деликатных границ нормы, ведь первобытные животные — пища для кротов.
- Привяжите изящные стебли к кольям, ориентируясь на процесс формирования куста.
- Желающие получить ранний урожай ярких плодов могут прибегнуть к процедуре прищипывания. Для открытого грунта такая операция необязательна.
Помидоры нужно поливать раз в неделю, старайтесь контролировать поступление влаги, т.к. большое количество жидкости может резко испортить будущий урожай ... Вода должна быть еле теплая, раствор можно разбавить удобрением .
Реальные отзывы дачников-любителей
Многочисленные отзывы, оставленные на форумах любителей покопаться в грядках, положительные. Дачники отмечают неприхотливость сорта, масштабную урожайность при правильном уходе. Ниже приведены некоторые отзывы о процессе выращивания помидоров, вкусовые качества спелых плодов:
- Я очень благодарна своей соседке, которая давно выращивает помидоры Канопус и прошлой весной поделилась своими "волшебными семенами".
Посадили всей семьей в марте, к сентябрю помидоры взошли, очень сочные и мясистые! Советую всем хозяйкам, плоды отлично подходят для консервации.
Помидоры Канопус - "сорт для ленивых", практически не удобряла и просто поливала раз в неделю, но результат просто отличный! С одного куста собрали около 4 кг урожая, все томаты как на селекционные - крупные, красные, вкусные!
Данные | Lehrstuhl Bioinformatik Jena
Оценочные данные CANOPUS
Мы оценили CANOPUS на двух эталонных наборах данных MS/MS: наборе обучающих данных SVM, который также использовался для обучения CSI:FingerID (в 10-кратной перекрестной проверке), и библиотеке Agilent MassHunter , используемый как независимый набор данных.
Набор обучающих данных SVM содержит спектры из GNPS, MassBank и NIST17. Поскольку NIST17 является коммерческой библиотекой, мы можем предоставить спектры только из GNPS и MassBank. Публичную часть обучающего набора данных SVM можно скачать здесь: svm_training_data
Для обучения глубокой нейронной сети мы использовали подмножество PubChem с 1 106 938 структурами, для которых мы загрузили аннотации ClassyFire и еще один набор из 2 997 933 соединений из базы данных ClassyFire. Структуры PubChem вместе с аннотациями ClassyFire для данных оценки можно загрузить здесь:structures.csv
С помощью CANOPUS мы проанализировали данные двух биологических исследований; файлы mzML и mzXML доступны на MassIVE под номерами доступа MSV000079949 (данные о мышах, Quinn et al 2020) и MSV000081082 (данные о растениях Euphorbia, Ernst et al 2019).
Сетевая визуализация данных о мышах была выполнена с использованием Cytoscape (Shannon et al 2003). Файл цитоскейпа можно скачать здесь: mouse_cytoscape
Исходный код CANOPUS является частью репозитория SIRIUS на github (https://github.com/boecker-lab/sirius-libs). Скрипты, которые мы использовали для анализа и визуализации данных, доступны в репозитории github (https://github.com/kaibioinfo/canopus_treemap).
Изучение фрагментации молекул натрия с миграцией заряда при фрагментации, вызванной столкновением, в масштабе библиотеки.
Мы проанализировали спектры фрагментации из библиотеки NIST 17 MS/MS, чтобы оценить количество протонированных фрагментов в спектрах фрагментации [M+Na]+. Мы предоставляем zip-архив, содержащий сводную статистику данных и сценарии Python 3, используемые для построения графиков и оценки. Спектры и молекулярные структуры не представлены, поскольку NIST 17 не является общедоступной библиотекой.
Данные оценки ZODIAC
Мы используем пять наборов данных для оценки производительности ZODIAC. Входные файлы mzML/mzXML для пяти наборов данных доступны в MassIVE со следующими инвентарными номерами: dendroides (MSV000080502), NIST1950 (MSV000081364), томат (MSV000081463), диатомовые водоросли (MSV000081731) и набор данных стула мышей (MSV000079949).
Код версии OpenMS, используемой для обработки входных файлов mzML, можно найти на GitHub. Код SIRIUS и ZODIAC JAVA также можно найти на GitHub: библиотека SIRIUS/ZODIAC и внешний интерфейс.
Мы предоставляем обработанные файлы спектров, результаты SIRIUS и ZODIAC здесь (3.5Gb). Эта виртуальная машина (4,5 Гб), содержащая входные файлы mzML, двоичные файлы OpenMS, SIRIUS и ZODIAC и сценарии обработки, может использоваться для реконструкции (промежуточных) результатов. Для запуска виртуальной машины используйте VirtualBox или VMware. Учетные данные виртуальной системы Debian: пользователь «zodiac» с паролем «zodiac». Для получения более подробной информации см. «README.txt».
Данные оценки SIRIUS 4
Для оценки SIRIUS 4 мы воспроизводим точную настройку оценки из Dührkop и др. (PNAS 2015) с использованием свободно доступных компаундов GNPS, см. также ниже. Этот zip-файл содержит все масс-спектры, а также информацию о перекрестной проверке, что позволяет точно воспроизвести настройку при оценке других инструментов (лицензия на данные CC0 1.0).
Мы также оцениваем SIRIUS 4, используя данные CASMI 2016. Мы предоставляем данные в читаемом формате файла SIRIUS: Этот zip-файл содержит все масс-спектры (МС1 и МС/МС, режим положительных и отрицательных ионов), использованные в оценке (лицензия на данные CC BY; авторы Мартин Краусс, Эмма Л. Шимански, Синди Weidauer и Hubert Schupke; организации UFZ и EAWAG). Эти данные также доступны в MassBank.
В двух тематических исследованиях SIRIUS 4 смог идентифицировать соединения, которые остались неизвестными при поиске спектральных библиотек. В рамках проекта American Gut N-3-OH-пальмитоил (m/z 387,32) был идентифицирован в этом цикле ЖХ/МС/МС. Из исследования антибактериальных свойств одежды 14,15-лейкотриен E4 (m/z 440,246) был идентифицирован в ходе этого цикла ЖХ/МС/МС. Все необработанные данные этих исследований доступны на https://massive.ucsd.edu/. Наборы данных проекта American Gut — MSV000080186 и MSV00008018, набор данных исследования одежды — MSV000081379..
Максимальное количество экземпляров Colorful Subtree
К сожалению, для загрузки экземпляров требуется слишком много памяти (сжато 24 ГБ). Можно генерировать экземпляры «на лету» из данных масс-спектрометрии, что требует гораздо меньше памяти, но в настоящее время это не поддерживается SIRIUS. Если вы хотите получить доступ к своим собственным алгоритмам, свяжитесь с Каем или Себастьяном!
Ссылки
Кай Дюркоп, Мари-Анн Латарету, В. Тимоти Дж. Уайт и Себастьян Бёкер
Эвристические алгоритмы для задачи о максимальном цветном поддереве.
Технический отчет, arXiv, 2018.
Passattuto
Это данные, используемые для оценки подхода к базе данных ложных целей и расчета FDR.
GNPS: содержит необработанные файлы GNPS, а также базы данных-приманок с ConditionalPeaks и RandomPeaks на основе необработанных данных.
Фильтрация шума GNPS: содержит файлы и деревья GNPS с фильтрацией шума, а также базы данных приманок с RandomPeaks, ConditionalPeaks и Reroot на основе данных с фильтрацией шума
Запрос Massbank: содержит спектры запросов Massbank Orbitrap.
Результаты поиска: содержит пример поиска спектров Massbank по сравнению с GNPS с фильтрацией шума (MassbankOrbi-Gnps.txt), поиск спектров Massbank по базе данных ложных целей с фильтрацией по шуму (MassbankOrbi-GnpsDecoyConditionalPeaks.txt), а также значения q для соответствующих TDA (MassbankOrbi-Gnps_qValues_TDA_RandomPeaks. txt) и EBA (MassbankOrbi-GnpsDecoyConditionalPeaks.txt).
Предсказание необычного элемента
Это данные, использованные в [1] для оценки классификаторов для предсказания присутствия необычных элементов в неизвестных биомолекулах.
Набор данных myxo состоит из 88 изотопных спектров, измеренных на спектрометре Bruker MaXis 2G qTOF (Бремен, Германия). Вы можете загрузить исходные спектры, а также отфильтрованные изотопные образцы, которые послужили исходными данными для нашего метода. Отфильтрованные спектры содержат информацию о массе, интенсивности, разрешении и полуширине.
Кроме того, мы предоставляем смоделированные изотопные образцы, которые использовались для оценки. Паттерны генерировались дважды: со стандартным уровнем шума и с высоким уровнем шума. Файлы именуются в соответствии с <классификатором> <длина шаблона>
Ссылки
[1] M. Meusel, F. Hufsky, F. Panter, D. Krug, R. Müller, and S. Böcker
Прогнозирование присутствия необычных элементов в неизвестных биомолекулах по изотопным образцам
Анализ Chem , опубликовано до печати, 2016 г., DOI: 10.1021/acs.analchem.6b01015
Данные оценки CSI:FingerId
Это данные, использованные в [1] для оценки производительности инструментов для идентификации структуры с использованием структурных баз данных и тандемной МС. Мы использовали спектры из MassBank и GNPS для оценки и обучения и PubChem для поиска. Учтите, что эти базы данных часто обновляются. Поэтому мы предоставляем идентификаторы используемых спектров и соединений во время нашей оценки.
Списки кандидатов PubChem, идентификаторы данных оценки, идентификаторы перекрестной проверки
Списки результатов для GNPS и MassBank известные/новые
Для MassBank и GNPS мы также предоставляем файлы спектров, использованные в нашей оценке. Мы предварительно обработали эти спектры, как описано в [1]. Вы всегда можете обратиться к базе данных GNPS и MassBank за исходными спектрами. Пожалуйста, упоминайте и цитируйте MassBank и GNPS при использовании этих данных.
Данные оценки CSI:FingerId
Здесь мы предоставляем задачи CASMI 2016 в читаемом SIRIUS формате ms:
Данные CASMI 2016
Ссылки
[1] Кай Дюркоп, Хуйбин Шен, Марвин Меузель, Юхо Роусу и Себастьян Бёкер.
Поиск в базах данных молекулярных структур с помощью тандемных масс-спектров с использованием CSI:FingerID
PNAS 2015 ; опубликовано до печати 21 сентября 2015 г., doi:10.1073/pnas.1509788112
Данные оценки BCD Beam Search
Данные, которые мы использовали для оценки алгоритма BCD Beam Search, доступны по адресу
https://doi. org/10.6084/m9.figshare.6189113.v1.
Ссылки
[1] Маркус Флейшауэр и Себастьян Бёкер.
BCD Beam Search: Рассмотрение субоптимальных частичных решений в супердеревьях удаления Bad Clade .
в обзоре
Данные оценки супердеревьев удаления плохой клады
Данные, которые мы использовали для оценки супердеревьев BCD.
Смоделированные наборы данных (выравнивания, входные деревья и деревья моделей):
2017-BCD-simulated-datasets
Результаты (супердеревья, комбинированные деревья анализа) для смоделированных наборов данных:
2017-BCD-simulated-results
Результаты и входные данные для наборов биологических данных
2017-BCDSupertrees-biological-datasets+results
Ссылки
[1] Маркус Флейшауэр и Себастьян Бёкер.
Супердеревья удаления плохой клады: быстрый и точный алгоритм супердерева.
Mol Biol Evol , 34:2408-2421, 2017
Данные оценки слияния Greedy Strict Consensus
Это данные, которые мы использовали для оценки различных оценок и реализаций GSCM.
Набор данных SMIDGenOG и SMIDGen, включая деревья входных данных и моделей:
2016-GSCM-peerJ-datasets
Результаты GSCM (супердеревья) для SMIDGenOG и SMIDGen набор данных:
2016-GSCM-peerJ-supertrees
Все оценки, рейтинги и статистика: 00CS19 как 00CS19 2016-GSCM-peerJ-scores
Ссылки
[1] Маркус Флейшауэр и Себастьян Бёкер.
Сбор надежных кладов с помощью жадного слияния со строгим консенсусом.
PeerJ (2016) 4:e2172
ГХ-МС ЭУ Спектры фрагментации
Быстрая идентификация малых соединений из малых количеств вещества представляет интерес во многих областях биологии и медицины. Масс-спектрометрия (МС) в сочетании с газовой хроматографией (ГХ-МС) является ключевой технологией для идентификации малых молекул. Мы представили новый вычислительный метод для интерпретации de novo данных фрагментации ЭИ высокого разрешения малых молекул, которые не могут быть найдены ни в одной, даже в структурной базе данных. Полученные деревья фрагментации объясняют соответствующие реакции фрагментации и присваивают молекулярные формулы фрагментам. Метод позволяет идентифицировать молекулярный ион и молекулярную формулу метаболита. Мы оценили метод на выборке из 50 дериватизированных и недериватизированных метаболитов, которые можно скачать здесь. Для этого набора данных укажите:
Ссылки
Франциска Хуфски, Мартин Ремпт, Флориан Раше, Георг Понерт и Себастьян Бёкер
De Novo Анализ масс-спектров электронного удара с использованием деревьев фрагментации.
Anal Chim Acta , 739:67-76, 2012.
LC Tandem MS Fragmentation Spectra
В принципе, тандемная масс-спектрометрия позволяет нам идентифицировать «неизвестные» малые молекулы, которых нет ни в одной базе данных. Недавно были введены деревья фрагментации для автоматизированного анализа моделей фрагментации малых молекул. Мы представили метод автоматического сравнения таких паттернов фрагментации, основанный на выравнивании деревьев фрагментации соединений. Мы сгруппировали соединения исключительно на основе моделей их фрагментации. Затем мы представили инструмент для поиска в базе данных соединений с характером фрагментации, подобным неизвестному образцу соединения.
Метод был оценен на различных наборах данных, многие из которых можно загрузить из MassBank: Набор данных Orbitrap имеет номера доступа от CE000001 до CE000694. Некоторые из спектров ранее использовались для оценки в [2]. Если вы используете этот набор данных, укажите [2] (инвентарные номера от CE000001 до CE000193) и [1] (инвентарные номера от CE000194 до CE000694).
Набор данных QStar был загружен в MassBank, но, к сожалению, это было сделано в рамках более крупной пакетной загрузки. С этой целью соответствующие спектры можно найти под номерами доступа от PB000001 до PB0009.99. Если вы используете этот набор данных, укажите [2].
Набор данных MassBank , использованный в [1], имеет инвентарные номера от PR100001 до PR101056.
Ссылки
[1] Флориан Раше, Керстин Шойберт, Франциска Хуфски, Томас Цихнер, Марко Кай, Алеш Сватош и Себастьян Бёкер.
Идентификация неизвестных путем выравнивания деревьев фрагментации.
Anal Chem , 84(7):3417-3426, 2012.
[2] Флориан Раше, Алеш Сватош, Рави Кумар Маддула, Кристоф Бётчер и Себастьян Бёкер
Вычисление деревьев фрагментации по данным тандемной масс-спектрометрии.
Anal Chem , 83(4):1243-1251, 2011.
Генный кластер
Гены, расположенные совместно в нескольких геномах, могут быть сильными индикаторами либо функциональных ограничений на организацию генома, либо порядка остаточных генов предков. Эти законсервированные паттерны обычно называют генными кластерами.
Мы представили метод эффективного вычисления кластеров генов в сотнях геномов и оценки значимости предсказаний вычисленных кластеров генов. Чтобы оценить наше программное обеспечение, мы создали набор данных из 678 геномов из RefSeq. Содержащиеся гены были сгруппированы в семейства генов на основе кластеров ортологичных групп (COG) и «неконтролируемых
ортологических групп (NOG), взятых из базы данных STRING. Комбинированные данные, использованные в [1] во входном формате Gecko3, можно скачать здесь. Вычисленные кластеры генов из [1] доступны для параметров по умолчанию и смягченных параметров.
Ссылки
[1] Sascha Winter, Katharina Jahn, Stefanie Wehner, Leon Kuchenbecker, Jens Stoye, Manja Marz, Sebastian Böcker
Поиск приблизительных генных кластеров с помощью Gecko3.
Будет опубликовано.
[2] Катарина Ян, Саша Винтер, Йенс Стойе и Себастьян Бёкер
Статистика для приблизительных кластеров генов.
BMC Bioinformatics , 14 (Suppl 15): S14, 2013. Proc. Спутникового семинара RECOMB по сравнительной геномике (RECOMB-CG 2013).
Центральные строки
Поиск центральной строки — это классическая задача информатики, имеющая важные приложения в вычислительной биологии. Мы фокусируемся на точных методах, которые также быстры в применении, и представляем расширенную предварительную обработку и новую итеративную стратегию поиска.
Набор данных, использованный для оценки, можно скачать здесь. Для этого набора данных укажите:
Ссылки
Франциска Хуфски, Леон Кухенбекер, Катарина Ян, Йенс Стой и Себастьян Бёкер.
Строки вычислительного центра Swiftly.
BMC Bioinformatics , 12:106, 2011.
Данные оценки Cluster Editing
Это данные, которые мы использовали для оценки нашего программного обеспечения Cluster Editing.
Взвешенные графики размером до 100, полученные на основе данных о сходстве белков COG:
bio_bielefeld. zip (26 МБ). Пожалуйста, цитируйте [1, 2].
Набор случайно сгенерированных взвешенных графиков:
Artificial_bielefeld_v_10to100.zip (980 кБ). Пожалуйста, цитируйте [1-4].
Набор случайно сгенерированных невзвешенных графиков:
Samples_v_100to2000_k_025vto25v.zip (196 МБ) и Samples_with_k_2000_to_4000.zip (186 МБ). Пожалуйста, цитируйте [5-6].
Входные графики после независимой от параметров обработки данных:
Reduced_samples_v_100to1000_k_05to10v.zip (24 МБ). Пожалуйста, цитируйте [5-6].
Ссылки
[1] Свен Рахманн, Тобиас Витткоп, Ян Баумбах, Марсель Мартин, Анке Трасс и Себастьян Бёкер.
Точные и эвристические алгоритмы редактирования взвешенных кластеров.
Проц. of Computational Systems Bioinformatics (CSB 2007), , том 6, страницы 391–401, 2007.
[2] Себастьян Бёкер, Себастьян Бриземайстер, Куанг Бао Ань Буй и Анке Трасс.
Подход с фиксированными параметрами для редактирования взвешенных кластеров.
Проц. Азиатско-Тихоокеанской конференции по биоинформатике (APBC 2008), , том 5, страницы 211–220 из Серии достижений в области биоинформатики и вычислительной биологии, Imperial College Press, 2008.
[3] Себастьян Бёкер, Себастьян Бриземайстер, Куанг Бао Ань Буй и Anke Truss
Взвешенные решения: параметризованные алгоритмы редактирования кластеров.
Проц. конференции по комбинаторной оптимизации и приложениям (COCOA 2008), , том 5165, страницы 1–12 лекций. Примечания Вычисл. наук, Спрингер, 2008.
[4] Sebastian Böcker, Sebastian Briesemeister, Quang Bao Anh Bui и Anke Truss
Переход на взвешенные значения: параметризованные алгоритмы для редактирования кластеров.
Theor Comput Sci, 410(52):5467-5480, 2009.
[5] Себастьян Бёкер, Себастьян Бриземайстер и Гуннар В. Клау
Точные алгоритмы редактирования кластеров: оценка и эксперименты.
Проц.
Learn more